Ministerstvo financií SR je Koordinačným orgánom pre finančné nástroje v SR. V rámci tejto funkcie MF SR gestoruje:
- Zákon 323/2015 Z.z. o finančných nástrojoch financovaných z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov
- Systém riadenia finančných nástrojov financovaných z európskych štrukturálnych a investičných fondov
- Metodické dokumenty pre implementáciu finančných nástrojov v SR